El Proyecto Juan Pablo II trabaja con 5 comisiones, para apoyar distintas áreas claves del proyecto. Estas son:

• Proyecto: Esta comisión tiene como trabajo mantener un seguimiento a los niños que asisten sábado a sábado, mediante la mantención de fichas para cada niños, para registrar sus avances y observaciones, además de levar una asistencia de los niños. Por otro lado, también tiene la tarea de proponer e implementar innovaciones al proyecto.

• Insumos: La tarea de esta comisión es conseguirse los alimentos necesarios para poder entregar los desayunos que sábado a sábado se le entrega a cada niño y jóven de la Población Santa Ana. Además deben conseguirse los materiales para poder realizar los talleres sábado a sábado. 

• Financiamiento: Se encarga de recaudar los fondos necesarios para llevar adelante el proyecto. Esto se hace por medios de donaciones de empresas y privadas, postulaciones a distintos fondos concursables.

• Eventos y Difusión: Esta comisión tiene como tareas el de mantener la página web y el grupo de facebook al día, para que la gente puede informarse a través de esos medios. Además, debe encargarse de difundir el trabajo del proyecto. Por otro lado, debe organizar actividades para juntar a los voluntarios del proyecto.

• Preuniversitario y reforzamiento escolar educación media: Sábado a sábado, esta comisión imparte clases de preuniversitario de las matérias de matemáticas y de castellano para jóvenes. También realiza reforzamiento de esas 2 materias para alumnos de educación media.

El equipo del II semestre del año 2010 es: